Согласно Положению о МКВК, её основными задачами являются:
- 
определение единой водохозяйственной политики, разработка её основных
направлений с учетом интересов населения и отраслей народного хозяйства государств
региона;
- 
— разработка и утверждение лимитов ежегодного водопотребления для каждого из
государств по основным водным источникам, управление водораспределением в условиях
фактической водности и складывающейся водохозяйственной обстановки;
- 
разработка и осуществление экологических программ, связанных с усыханием
Аральского моря и истощением водных источников, установлением ежегодных объемов
водоподачи в дельты рек и Аральского моря, а также санитарных попусков по рекам и
каналам и другие.
В состав МКВК входят: БВО «Амударья» (Ургенч, Узбекистан), БВО «Сырдарья»
(Ташкент, Узбекистан), Секретариат (Ходжент, Таджикистан), Научно-информационный
центр (НИЦ) (Ташкент, Узбекистан) и координационный метеорологический центр (КМЦ)
(Бишкек, Кыргызстан) (рис. 2).
На обе БВО возлагается соблюдение гарантированной подачи воды в нужные сроки
потребителям 
в 
соответствии 
с 
установленными МКВК лимитами 
водозаборов 
из
межгосударственных источников и попусков воды в дельту Амударьи и Сырдарьи, а также
в 
Аральское море 
в 
ежегодно планируемых 
объемах. 
На них также возлагается
осуществление оперативного контроля соблюдения установленных лимитов, режимов
работы межгосударственных водохранилищ, контроль качества воды, обеспечение подачи
воды в Чардаринское водохранилище в ежегодно устанавливаемых объемах.
Секретариат организует исполнение поручений МКВК, подготовку мероприятий и
проектов решений на заседаниях МКВК, а также смет эксплуатационных затрат и
капитального строительства для финансирования БВО «Амударья» и БВО «Сырдарья» за
счет государств - членов МКВК.
СТРУКТУРА
Межгосударственной координационной водохозяйственной
комиссии Центральной Азии (МКВК)
УЧРЕДИТЕЛИ КОМИССИИ
Госкомитет 
МВХ
По ВОДНЫМ 
МСВХ 
Республики 
МСВХ
. 
МВХ
ресурсам 
Кыргызской 
Таджикистан 
Туркменистана 
Республики
Республика 
Республики 
УР 
Узбекистан
Казахстан
МКВК 
СЕКРЕТАРИАТ
У
У 
У 
У 
У
Научно- 
Координационный 
БВО 
БВО
информационн | | метеорологически 
«Сырдарья» 
«Амударья»
ый центр 
й центр (КМЦ)
НИЦ)
(НИЦ 
у 
у
Территориальные | | Территориальные
управления 
управления
Рис. 2